从轨迹推断到RNA速率【国科大研究生首届学科交叉圆桌沙龙】

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Description

中国科学院数学与系统科学研究院的硕士生贾玉涵为大家介绍数学建模在生物信息学中的重要作用。他以RNA速率为例，介绍了如何利用常微分方程来估计细胞RNA速度，从而进一步推断细胞的轨迹，这对理解细胞分化的基本过程有着深刻的意义。同时报告人基于现在多组学技术和机器学习算法的发展，对未来RNA速度模型的发展趋势进行了展望。

Comments

中国生物物理学会 2023-12-08

哦？生物 & 物理梦幻联动？[脱单doge][脱单doge]

♥ 12

是鹦鹉螺啊 2024-01-11

很精彩的演讲，对RNA velocity的理解很深入。实际用的时候，static model 和dynamic model结论差不多， static model计算使用的资源少，大概5分钟就能跑完3万个单细胞数据，dynamic model基本上要2小时起。两种model对数据的假设稍有不同，实际的数据里，细胞并不是来自于同一种来源，所以latent time是不准的，且并没有额外的实验数据可以支持dynamic model的结论。比如，脑组织里，神经细胞和胶质细胞的latent time是完全不准的。

♥ 7