【中英双语】生物信息学算法完整课!从DNA复制到基因组组装|UCSD经典99讲中文配音

合集 · 算法与数据结构 (14)

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    【中英双语】生物信息学算法完整课!从DNA复制到基因组组装|UCSD经典99讲中文配音
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Parts

  1. P1 · 生物信息学算法01-第1章:在复制起点寻找隐藏信息(上)
  2. P2 · 生物信息学算法02-第1章:在复制起点寻找隐藏信息(下)
  3. P3 · 生物信息学算法03-第1章:从生物学洞察到寻找复制起点的算法(上)
  4. P4 · 生物信息学算法04-第1章:从生物学洞察到寻找复制起点的算法(下)
  5. P5 · DNA调控基序怎么找?算法从随机植入模式讲起
  6. P6 · 基序查找算法实战:从植入模式到调控基序的完整解析
  7. P7 · 生物信息学必看:中位字符串问题,基序发现的核心算法
  8. P8 · 掷骰子也能找DNA基序?随机化算法硬核解析
  9. P9 · 生物信息学必看:Gibbs采样如何精准发现DNA调控基序?
  10. P10 · 随机算法最怕零值?Laplace教你一招解决
  11. P11 · 基因组测序凭什么改变医学?30亿碱基的秘密一次讲透
  12. P12 · 图论起源:柯尼斯堡七桥问题,欧拉如何一劳永逸解决?
  13. P13 · 基因组组装核心算法:报纸爆炸问题揭秘
  14. P14 · 基因组组装核心难题:如何从碎片重构完整DNA序列?
  15. P15 · 基因组组装核心难题:如何用哈密顿路径重建DNA序列?
  16. P16 · 欧拉路径 vs 哈密顿路径:基因组组装算法对决,选错直接崩溃
  17. P17 · 基因组组装新思路:欧拉路径 vs 哈密顿路径,谁更胜一筹?
  18. P18 · 欧拉定理:如何找到一笔画路径?图论算法入门
  19. P19 · 基因组装神器:德布鲁因图如何从碎片重建完整基因组?
  20. P20 · 基因组组装难题:De Bruijn图为何在现实中频频翻车?
  21. P21 · 基因组组装歧义怎么破?德布吕因图与配对读段实战拆解
  22. P22 · 从DNA片段到完整基因组:生物信息学算法如何组装生命蓝图
  23. P23 · 青霉素的发现颠覆了你的科学课认知!抗生素如何拯救数亿人
  24. P24 · 细菌如何制造抗生素?从DNA到环肽的全流程揭秘
  25. P25 · 质谱仪如何测序抗生素?打碎分子称重就能破解环肽密码
  26. P26 · 暴力算法能破解环肽测序吗?万亿种可能,这方法直接崩了!
  27. P27 · 分支定界算法如何加速环肽测序?生物信息学核心方法详解
  28. P28 · 质谱测序遇到噪声怎么办?打分算法让肽段鉴定更鲁棒
  29. P29 · 从20到100+种氨基酸:生物信息学如何破解非标准氨基酸难题
  30. P30 · 质谱卷积:让噪声数据也能精准测序的算法突破
  31. P31 · 质谱仪到底在测什么?光谱真相揭秘,生物信息学必看
  32. P32 · 破解非核糖体密码:序列比对如何揭示生物奥秘
  33. P33 · 序列比对游戏:如何用动态规划找出最长公共子序列?
  34. P34 · 曼哈顿游客问题:从观光路线到序列比对的动态规划思维
  35. P35 · 动态规划入门:从找零问题看透算法本质
  36. P36 · 动态规划 vs 回溯:序列比对算法谁更强?
  37. P37 · 序列比对动态规划:从曼哈顿网格到最长公共子序列
  38. P38 · 序列比对评分模型大升级:从全局到局部,让比对结果更符合生物学意义
  39. P39 · 序列比对算法优化:仿射间隙惩罚如何更精准衡量进化距离?
  40. P40 · 序列比对太耗内存?分治算法实现线性空间比对,长序列也不怕
  41. P41 · 多序列比对:从双序列到三维动态规划,一次搞懂保守结构域分析
  42. P42 · 人类基因如何变成老鼠?基因组重排的奥秘
  43. P43 · 基因组重排算法:4次反转就能把乱序基因变回正常?
  44. P44 · 断点定理:基因组脆弱区域的关键,生物信息学算法第6章精讲
  45. P45 · 2-Breaks:用环形染色体巧妙简化基因组重排分析
  46. P46 · 断点图:基因组重排的核心工具,手把手教你读懂
  47. P47 · 双断点距离定理:基因组重排的数学核心
  48. P48 · 肿瘤基因组中的染色体重排:为什么多染色体反而更简单?
  49. P49 · 人类基因组存在脆弱区域吗?一个反直觉的数学证明
  50. P50 · 基因组同线性块构建:从点阵图到跨物种比较
  51. P51 · SARS病毒溯源:谁把致命病毒传给了人类?
  52. P52 · 从多重序列比对到进化树:距离矩阵如何揭示SARS病毒起源
  53. P53 · 生物信息学算法实战:基于距离构建系统发育树,从零推导递归算法
  54. P54 · 生物信息学算法:加性系统发生树重建,从负权重边到完整算法
  55. P55 · 最小二乘法构建进化树:距离矩阵的最佳拟合
  56. P56 · UPGMA算法揭秘:如何用超度量树追踪病毒演化路径
  57. P57 · 邻接算法:被引3万次的生物信息学基础,构建进化树的核心方法
  58. P58 · 如何用性状重建进化树?生物信息学经典算法
  59. P59 · 动态规划求解小简约性问题:最小化祖先序列突变
  60. P60 · 大简约问题:如何找到最省力的进化树?
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  62. P62 · 酵母如何进化成酿酒大师?聚类算法揭示基因奥秘
  63. P63 · 基因表达矩阵:从酵母到癌症,生物信息学如何用数据揭示生命奥秘
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  65. P65 · K-Means聚类Lloyd算法详解:从原理到酵母基因实战
  66. P66 · K-means聚类 vs 人眼:为什么算法会看走眼?软聚类如何逼近人类直觉
  67. P67 · 抛硬币如何引出k-Means聚类?生物信息学硬核算法实战
  68. P68 · 期望最大化算法:从抛硬币到软聚类,生物信息学核心思想全解析
  69. P69 · K-means太硬?试试软聚类:从万有引力到统计力学
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  73. P73 · Trie树内存爆炸?后缀树如何将基因组索引压缩到极致
  74. P74 · 基因组压缩与Burrows-Wheeler变换:从后缀树到高效模式匹配
  75. P75 · Burrows-Wheeler变换逆向重建:压缩后如何恢复原始基因组?
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  77. P77 · Burrows-Wheeler变换如何找到匹配位置?后缀数组来帮忙
  78. P78 · BWT模式匹配加速:检查点数组如何让基因序列搜索快10倍
  79. P79 · Burrows-Wheeler变换实现模糊匹配:允许错配的DNA序列搜索
  80. P80 · 双端测序如何检测基因组结构变异?缺失、倒位、易位一网打尽
  81. P81 · HIV疫苗为何至今难产?隐马尔可夫模型揭示病毒逃逸机制
  82. P82 · 抛100次硬币63次正面,庄家出老千了吗?用隐马尔可夫模型破解赌局
  83. P83 · 从作弊赌场到隐马尔可夫模型:HMM核心思想全解析
  84. P84 · 隐马尔可夫模型解码问题:从零构建曼哈顿图,手把手推导最优隐藏路径
  85. P85 · 维特比算法:HMM解码问题的动态规划解法,生物信息学必学
  86. P86 · 生物信息学必看:用Profile HMM精准分类蛋白质家族
  87. P87 · 用隐马尔可夫模型给蛋白质分类,生物信息学硬核实战
  88. P88 · 隐马尔可夫模型参数如何自动学习?Viterbi Learning算法详解
  89. P89 · HMM软解码:从硬性判断到概率推断,生物信息学核心算法
  90. P90 · Baum-Welch算法:隐马尔可夫模型参数估计全流程实战
  91. P91 · 恐龙是巨型鸡?用算法破解霸王龙蛋白质之谜
  92. P92 · 蛋白质测序算法:如何从碎片质量重建完整肽链?
  93. P93 · 从理想光谱到真实光谱:如何给肽段匹配打分?
  94. P94 · 生物信息学必看:肽段测序算法,从质谱到序列的完整解析
  95. P95 · 恐龙是鸡的祖先?用算法破解霸王龙蛋白质之谜
  96. P96 · 谱字典:一招鉴定蛋白质鉴定结果是否靠谱
  97. P97 · 鸵鸟血红蛋白之谜:恐龙蛋白是远古宝藏还是统计巧合?
  98. P98 · 蛋白质翻译后修饰如何影响肽段鉴定?生物信息学算法解析
  99. P99 · 光谱比对算法:用图论巧解蛋白质修饰难题
Description
为什么学算法的人也该看生物信息学?因为这门课会用「真实生物学问题」带你把动态规划、图论、随机算法、HMM、聚类一路学穿——不是空讲题,而是从「DNA复制起点在哪」一路问到「霸王龙是不是大号鸡」。

本合集为 UCSD《Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach》(Phillip Compeau & Pavel Pevzner)完整中文配音版,共99讲,按教材第1–11章顺序整理。

【你会学到】
· 序列比对 / 动态规划(找零、曼哈顿游客、LCS、全局/局部比对)
· 基因组组装(欧拉路径、De Bruijn 图、配对读段)
· 抗生素与质谱测序、基因组重排与断点图
· 进化树重建、聚类与基因表达
· BWT / 后缀树与读段比对、隐马尔可夫模型(HIV/蛋白质家族)
· 计算蛋白质组学(恐龙蛋白、肽段测序)

【观看说明】
本集为中文配音版(画面保留英文板书,方便对照术语)。
适合:计算机/生物交叉方向、算法课想找应用场景、备战生物信息学入门的同学。

【一点心里话】
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